Aralık 1965'te Beatles tamamen farklı bir sesle çıktı hayranlarının karşısına. "Rubber Soul" adlı yeni albümleri farklı arayışların ilk büyük simgesidir. Bu albüm iyi bir albümdü, içerdiği sözlerden ustaca yazılmış melodilere ve bir bütün olarak yansıyan Beatles müziğine kadarki albümde ilk defa; coverlanmış şarkı yoktu. John, Rubber Soul'u ve o dönemi şöyle anlatır:
"Bu Paul'ün bulduğu bir addı. Your Blues gibiydi, sanırım, İngiliz Soul müziğini kastediyordu. Lastik Ruh -Lastik soul- yani çift anlamlı bir kullanımdı. Tüm bunların ardında hiç de öyle gizemli anlamlar yoktu. Olan biten 4 gencin yeni albümlerine verecekleri isim üzerinde çalışıp didinmeleriydi. Müzikal ve teknik açıdan gelişiyorduk. Hepsi bu. Sonunda stüdyoyu da almıştık. İlk zamanlarda bize tanınan süre içinde bir şeyler yapmak zorundaydık. Bize verileni alırdık. İki saat içinde ya da işte tanınan süre neyse o zaman zarfında bitirmek, iki üç kayıtta işi halletmek zorundaydık. (İlk albüm -Please Please Me- 17 saatte kaydedilmiştir) ve nasıl daha bas bir ses elde edilebileceğini bilmiyorduk. Tekniği yeni yeni öğreniyorduk. Rubber Soul da, albümü yaparken biraz daha kılı kırk yarıcı davrandık, hepsi bu. Kapağı ve herşeyi yapmayı biz üstlendik." Bir kaç ay sonra çıkan Revolver (1966) daha da farklı bir sesti ve otoritelerin Beatles'a bakış açısını değiştirdi. Değişim en basitinden albüm kapak çalışmalarındaki yeniliklerde görülür. Çağımıza kadar artık albüm kapakları grup elemanlarının hoş resimlerinden farklı şeyler anlatacaktır. Çağlarının hep bir adım önünde duruyorlar ve başkalarına nazire yapmadan sadece kendi yeteneklerinin ve ilhamlarının dikine doğru gidiyorlardı. Artık eski Beatles yoktu ortada. İki dakikalık aşk şarkıları dönemi kapanmış (o aşk şarkıları bile hala benzerleri olmayan tınılar barındırır), Norwegian Wood, In My Life, Girl, Eleanor Rigby, Tomorrow Never Knows, Paperback Writer, Day Tripper gibi dönemin liderliğini yapan besteler devri açılmıştı. İki yetenekli zekanın ürünüydü bunlar John Lennon ve Paul McCartney. Tabiî ki George Martin gibi bir yapımcı, bir o kadar yardımcı ve kullandıkları son moda kayıt sistemlerinin de katkısı yatsınamaz.
John, 1966 ve izleyen aylarda içindeki sıkıntıları açığa vurmaya başlamış, bunları gizlemeden biraz da pervasızca hareket ederek yaşamaya başlamıştı.. O eski şakacı adam gitmiş, yerine sürekli iğneleyen, halinden memnun olmayan bir adam gelmişti. Eşiyle, sanatıyla, hayatıyla ilgili ilk taşkınlıklar baş göstermişti artık. Revolver çıktıktan sonra basın, Beatles'ın ne olursa olsun dağılacağını, verdikleri konserlerde yaptıkları hareketlerin ve neredeyse çalamamalarının bunun kanıtı olduğunu savunuyorlardı. Filipinler'de yaşanılan olaylar artık bardaktaki suyun taştığını gösteriyordu. Grup 1966'nın Ağustos ayında son konserini verdi ve bir daha konser vermeme kararı aldı. Dağılma dedikodularını hızlandıran etkenlerden biridir bu. 1966 sonbaharı başlarken John Lennon "How I Won The War" adlı çok sıkıcı, savaş alehtarı bir filmde oynadı. George Harrison Rubbel Soul'da kullandıkları Sitar çalgısını öğrenmek ve çok etkilendiği Hint geleneklerini tanımak için Hindistan'a gitti. Hindistan'a giderken sakal bıyık uzatmış, adeta kamufle olmuştu, ta ki kaldığı otel odasının asansöründe kat görevlisi onu tanıyana kadar. Ardından diğer Beatles üyeleri de George gibi Hindistan'a gittiler. Beatles'ın sakal bıyık çağı böylece başladı. "Bunu da mı onlar modalaştırdı?" diye sormayın sakın. Evet öyle oldu.
Kasım 1966 geldiğinde John'un sesinden dökülen Strawberry Fields Forever radyolarda çalmaya başladı ve Beatles bundan sonra dağılmasına dek yaşayacağı 3 yılda müzik tarihine kazınacak müzikal işler yapacaktır. Ekip dağılma söylentilerine inat Abbey Road stüdyosunda EMI records'ı sarsacak çapta maliyete sahip, o zamana kadar yapılmış en masraflı albümü yapmak için kampa girdi. 4 aylık hummalı bir çalışmanın ürünü mayıs 1967'de görücüye çıktı. "Sergeant Pepper's Lonely Hearts Club Band" (Çavuş Biber'in Yalnız Kalpler Kulübü Orkestrası). Bu albümde yer alan ve takip eden aylarda çıkardıkları "Lucy In The Sky With Diamonds", "A day In The Life", "I'm the Walrus" gibi John imzalı şarkılar psychedelic ve progressive rock akımlarına öncelik etti ve 1967 psychedelic yıl olarak anıldı . (Yine aynı dönemde Pink Floyd'un ilk albümü "Piper at the Gates of Dawn" çıkmış ve iki grup stüdyoları birbirine yakın olduğundan, Beatles kayıttayken bir Beatles hayranı olan Syd Barrett'ın kullanılan seslerden çok etkilendiği rivayet edilir.) Yılın olayıydı bu albüm, satış rekorları kırdı. Eskiden bir iki şarkı ve ilgisiz 10 ya da 12 şarkıdan ibaret olan Rock and roll albümleri Pepper'la beraber değişiyordu. Çiçek çocuklar, savaş karşıtları içinde ikon oldu bu albüm. John Lennon ise albümde yer alan "Lucy In The Sky With Diamonds" adlı şarkının baş harflerinin LSD ye gönderme olduğu iddiasıyla yeni bir skandalla yüz yüze geldi. Evet LSD alıyorlardı ama John kimseyi inandıramasa da bu şarkının LSD ile bir ilgisi yoktu. Şarkının sözleri John'un oğlu Julian'ın çizdiği bir resimde tasvir ettiği şeyler üzerine şekillenmiştir aslında. John LSD almaya ne zaman başladıklarını şöyle açıklamıştı. "LSD almaya Londra'da George'un arkadaşı ve bizim dişçimiz olan adam sayesinde başladık. Sanırım LSD yi kahvelerimize koymuş. Ve böylece başladı LSD maceramız". 1967'de LSD aldıkları öğrenilince her kesimden insanın benimsediği "efendi çocuklar" imajı kayboldu üzerlerinden. Herşey oldukça değişmişti.
Müzik dışında hayatı sıkıcı ve hiç de istediği gibi değildi. Bu ve buna benzer olaylar John'u depresif, bozuk bir ruhla yaşamaya itti. Beatles o kadar popülerdi ki artık onları tanımayan yoktu. Böyle yaşamak çok zordur aslında. Maddi ve ego getirisi yatsınmaz olsa da bu kadar baskıyı kaldırmak çok zordur. İlk zamanlar şöhretin verdiği tadla genç Beatles bunun henüz farkında değildi ama 1966'dan sonraki dönemde artık hayatları çekilmez bir hal almıştı. Gerçi 1963-1965 döneminde, özellikle turnelerde otel odalarında sıkışıp kalmış, gittikleri yerlerde sirk maymunu gibi davranmak zorunda kalmışlar, hayatlarını rahatça yaşayamayan 4 genç adam olmuşlardı. John o günleri şöyle anlatır: "Olup bitenden bizim anladığımız şuydu. Yanlarından geçerken, insanlar bize dokunuyorlardı, yalnızca sana dokunmak istiyorlardı, sanki İsa gibi birisin de senden bir iyilik hali bulaşacak onlara. Bunun gibi bir sürü şey ve her nereye gitsek şey (?) gibi davranmak zorundaydık... Yani normal insanlar gibi davranmamak. Belediye başkanı olan Lord'lardan ve karılarından başlamak üzere bir sürü pislikle uğraşmak." İşte bu sorunları üstlenen, perdeleyen 1967 yazına kadar Beatles'la ilgilenen biri vardı. Onları izbe Cavern Club'da keşfeden, buralara kavga dövüş etmeden getiren adamdı. Brain Epstein. Ama Brain Epstein kimsenin bilmediği kırılgan yapısına ters bu baskıyı daha fazla kaldırmadı. Hatta John ile olan yakınlığı yüzünden eşcinsel eğilimleri alaya bile alınmıştı basında. Brain Beatles'la 1961 de anlaştığında lider olarak karşısında John vardı. Ve oldukça yakındılar. John lastik yüzlü olmayı öğrenemeyen bu adamın intiharıyla hayatından yeni bir yakın daha kaybetti. Beatles 1967 sonuna Epstein'sız girecek ve artık karşı konulmaz sona doğru gidecektir. Akıl almaz müzik kalitesi devam etse de.