John kayıp hayatını, Rımbaudvari yaşamını nişanlandıran ve hayatının akışını değiştirecek kişiyle tam bu sırada tanıştı. Yoko Ono avandgard akımın mensuplarından... O dönem özellikle popüler müziğin önderliğindeki sanat, uyuşturucuların etkisiyle, bir de ikinci dünya savaşının Avrupa gençliğinde, Vietnam'ın da ABD gençliğinde bıraktığı izlerden dolayı, kendini yeni, alışılmışın dışında göstermek için çabalıyordu. Yoko Ono da New york'da bu sanat çevresindeydi. John Lennon Yoko ile böyle bir çevrede tanıştı. Sonra da normal bir insan olan karısını bırakıp onunla beraber olmaya başladı.
"Asitten etkilenmiş ve bir ara tüm kuşağım gibi kendimi bayağı kaybetmiştim. Ama gerçekten Rock n' Roll'u çok seviyorum ve kendimi en iyi Rock ile dışa vurabiliyorum. Rock and Roll beni müzik yapmaya yönelten müzik. Kurumsal olarak Rock n' Roll'dan daha iyisi yok. İster Beatles olsun ister Dylan ya da Stones, hiçbiri, hiçbir grup "A Whole Lot of Shakin"i geliştirememiştir bence. Ya da bu benim dönemimdi ve ben artık o dönemi eşeleyip duruyorum. Ondan hiç vazgeçemeyeceğim" der John.
Bu birliktelik anlaşıldığında ailesi, basın ve diğer Beatle'lar John'dan uzaklaştı Yoko ile olan beraberliğine karşı tavır aldılar. Bu tuhaf, çirkin, garip kadını kabullenemediler. Hatta çekinmeden hakaret dahi ettiler. 1968 artık beraber müzik yapma yetisinin kaybolduğunu gösteren bir yıl oldu. Sene ortasında çıkan "The White Album" mükemmel denilecek sanat eseri şarkıları, müzikleri içinde barındırsa da bir grup albümünden çok 4 bireyin toplama bir albümde yer alması gibi bir şeydi. Hem de bir ikili albümdü. O kadar çok yeni şarkı yazmışlardı ki normal devir bir plağa sığması imkansızdı. Bu yüzden iki bölümlü bir albüm olarak çıktı. Ve işin tuhafı bazı şarkılar sığmadı bile. John takip eden günlerde uyuşturucudan tutuklandı ve sonra Beatles'ı kısmen terk etti. Artık basın ilk zamanlarındaki gibi müziklerini yermekten çok, ortada yerecekleri bir müzik olmadığı için özel hayatlara ve grubun anlaşmazlıklarına takmıştı kafayı. Bu iş için biçilmiş kaftandı John Lennon. Brain Epstein'ın ölümünün ardından grup bariz bir yönetim sorunu yaşıyordu. John ve Yoko normal kabule göre saçma, anlamsız işlerle uğraştı. "Two Virgins" adlı garip bir plak yaptılar. Bu albümün kapağı için çırılçıplak pozlar verdiler. Ve buna benzer garip, protest işler. Lennon'ın içindeki hırçınlığı tetikleyen onu anlayan ve isyanına ortak olan kadındı Yoko Ono. Aynı yıl ticari bir işe atıldılar ve sonu fiyasko oldu. Apple adlı butik zinciri projesi tutmadı ve battılar. Sonradan Apple plak şirketine dönüştü. 1969 geldiğinde grup içi anlaşmazlıklar, parasal anlaşmazlıklar, Grubun geleceğini teslim edecekleri kişileri seçme konusundaki iki karşıt görüş hala inanması güç biçimde güzel müzik yapmalarına rağmen yatsınamaz bir gerçekti. Paul Beatles'ı yönetmesi için yeni eşi Linda Eastman'ın ailesini istiyor ve ısrar ediyordu. John Lennon ise Allein Klein konusunda ısrarlıydı ve ikisi de geri adım atmıyordu. Tam bu tartışmalar sürerken "Let It Be" adında albümde yer alan şarkıları çaldıkları belgesel bir film çekmeye başladılar. Paul McCartney bu filmde bariz görülür; o kadar hakimiyetine almıştı ki Beatles'ı, ilk zamanlardaki masum, şaşkın, tecrübesiz, toy yüz ifadesinin yerini tam bir işbilen, halkla ilişkiler uzmanı yüz ifadesi almıştı. Artık bir menajer şarttı ve Beatles için aranan menajer konusunda tartışmalar ayyuka çıktı. John devam etmek istemiyor Yoko ile beraber olup evlenmek istiyor ama duygularına yenilip Beatles'ı da bırakamıyor, Paul ise Beatles'ın sona ermesini istemiyordu. Tüm bu gelgitler içinde mükemmel müzikler yapmayı sürdürüyorlardı. Son albüm "Abbey Road" 1969 yazında çıktı. Ve bu kadar soruna rağmen Beatles üyelerinin Beatles adı altında böyle bir albüm yapmaları dağılma dedikodularıyla ters düştü. Hatta bırakın müzik yapmayı yepyeni sesler, tınılar vardı gene bu albümde. Bu konuyla ilgili John bir röportajında şöyle demişti: "Beatles üyeleri gerçekten sinirli olmadıkları sürece her zaman beraber müzik yapabilirler."
Aynı sene John gruptan ayrı ilk ciddi işi yapan kişi oldu. Yeni bir grup kurdu! Henüz resmen dağılmamıştı Beatles. Ama John bunu beklemeden The Plastic Ono Band adında vasat bir grupla müziğini icra etmeye başladı. Bu eşlikçi grupla bir albüm kaydetti. Yoko ile yine garip şeyler yapmaya başladılar ve evliliklerini yatak barışı gibi özellikle Vietnam savaş karşıtı protestolarla sürdürdüler. Bunların arasında 1965'de aldıkları çok tepki çeken MBE ödülünü iade etmesi de vardır. "Give Peace A Chance", "Working Class Hero", "Power To The People" gibi siyasi şarkılar ve benzer eylemlerle gündemden hiç inmedi John. Ama Beatles'dan ayrıldığını da söylemedi. John artık Beatles'dan ayrı tek başına ya da Yoko yanında olduğu sürece, kendi sanatını yapabileceğini anlamıştı. "God" adlı şarkısında adeta içini boşalttı. İnanmadığı reddettiği herşeyi bir liste halinde sözlere eklemişti. "Beatles'a inanmıyorum" diyordu. O günlerde şöyle diyordu bir söyleşide: "Ben daha çok dünya çapında anlamı olan şeylerle, hani nasıl denir... herkes için bir anlam taşıyan şeylerle ilgileniyorum. Yalnızca duvar kağıdı dinleyen bir avuç çocuğa hitap eden şeylerle değil. Şiirle de, resimle de çok ilgileniyorum. Her zaman ilgilendim. Hep benim tutkum oldu ve olmaya devam ediyor. Ara sıra Shakespeare ya da işte bilmem kim olmak istiyorum. Benim yaptığım iş bu, dalga geçmiyorum. Onlara karşı ayakta hissediyorum kendimi. Elvis'le yarışa sokmuyorum kendimi. Benim içine doğduğum ortam Rock'tı, hepsi bu. Bazı insanlar boya fırçalarını almışlardı ellerine ve Van Gogh, Renoir olmak istiyorlardı belki de, ya da işte ondan önce gelen herhangi bir ressam gibi olmak, tıpkı benim Elvis ya da ne kahrolası naneyse ondan olmak istemem gibi. Bu adamaların bizden bir farkları yok, sadece o zaman yaşıyorlardı. O kadar. İyi gitarcılar ilgilendirmiyor beni. Benim oynadığım oyun kavram ve felsefe, yaşam biçimleri ve tarihteki tüm hareketleri kapsıyor."
1970 sonuna kadar Beatles sessiz bir yıl geçirdi ve sonunda resmi olarak Beatles'dan ayrıldığını bildiren ve grubun dağıldığını söyleyen ilk isim John değil Paul oldu. Böylece John'un çocukluk hevesi, efsanevi Beatles gayrı resmi sürecin ardından resmen dağıldı.
Beatles'ın çağında yada Beatles'dan sonra hep yeni bir Beatles yaratılmaya çalışıldı. Tekrar bir araya gelmeleri için diller döküldü ama olmadı. Hiçbir grup onlarınki gibi bir iş yapamadı. Hiçbir grup tek başına Beatles gibi bu kadar çabuk müziğin çehresini değiştiremedi. Beatles'la beraber ve sonra; tüm dünyayı saran değişik rock akımları hep Beatles'dan cesaret bulan, onlara heves eden yetenekli gençlerin ürünüydü. Nasıl blues, rock müziğin kökeniyse; popüler müzik grubu kavramının babası Beatles'dır. Beatles'dan evvel orkestralar tek başına anılmaz solist ve ahbapları diye anılırdı. Ve asıl sükseyi solist yapardı. Müziğin de sanatsal anlamda öyle pek bir kıymet-i harbiyesi yoktu. Kim ne derse desin her şeyin bir atası vardır ve Beatles grupların atasıdır. Bu işin mucidi de belki tek başına yapmayı beceremediğinden, tesadüfen olsa da John Lennon'dır.